Globoka uporaba dušikovih gnojil se nanaša predvsem na amonijevo dušikovo gnojilo in sečninsko gnojilo. Po statističnih podatkih Ministrstva za kmetijstvo ima ob ohranjanju enakega pridelka poljščin globoka uporaba gnojil pomemben učinek; globoka uporaba amonijevega dušika lahko poveča izkoristek za 31%~ 32%, sečnino za 5%~ 12,7%, amonijev sulfat pa za 18,9%~ 22,5%. Fosfatna gnojila se intenzivno uporabljajo v skladu z načelom močne suše in rahle vode, kar lahko poveča stopnjo izrabe fosfatnih gnojil in zmanjša onesnaženje tal. Lahko uporablja tudi apneno apno, prilagodi potencial zmanjšanja oksidacije tal in druge metode za zmanjšanje absorpcije in kopičenja težkih kovinskih elementov v rastlinah, lahko pa uporabi tudi metode, kot so oranje, rezanje in globoko oranje ter zamenjava tal za zmanjšanje težkih kovin v tleh in škodljivi elementi.
